Au moment de sa conquête, l'île était divisée en 2 tribus aborigènes, les uns suivaient le roi Guize et les autres le roi Ayose. Les territoires de ces tribus étaient Maxorata (au nord) et Jandía (au sud), séparés par une muraille (on peut voir ses restes)à l'isthme de la Pared. L'ancien nom de l'île, Herbania, fait référence à cette muraille.
L'île était connue avant la conquête castillane. Une série d'expéditions majorquines, catalanes, portugaises, etc... avaient eu lieu auparavant puisque ces puissances se disputaient le droit de conquête
La conquête débuta en 1402, dirigés para les Normands Jean de Béthencourt et Gadifer de la Salle. Après le sièges de Lanzarote, l'expédition commença les premières attaques à l'île voisine (Fuerteventura). En 1404, Bethencourt et Gadifer fondèrent la ville de Betancuria dont la vallée se convertit en 1er siège de l'île et par la suite en capitale, siège de plusieurs administrations. Gadifer affronta de nombreuses difficultés après le départ de Béthencourt vers la péninsule afin d'obtenir la reconnaissance et l'appui du roi de Castille, pris l'initiative de la conquête.
Au retour de Béthencourt, les 2 conquérants se séparent et Gadifer abandonne l'île. En quelques années (1405), Fuerteventura fut contrôlée après la coexistence des conquérants et des aborigènes. Le premier recensement de la population indique environ 1200 habitants. À partir de là, la population va augmenter progressivement. En 1476 le territoire appartient enfin au Señorío Territorial de Fuerteventura, qui dépend des rois catholiques.
L'île fut harcelée par les pirates. En 1593, une expédition berbère envahit l'île et la capitale. Afin d'éviter de genres d'attaques, les habitants construisirent plusieurs châteaux tout au long de la côte, en même temps que la population s'éloignait de cette dernière. C'est à ce moment qu'arriva à Fuerteventura le premier Capitaine Général qui prit en charge la défense de l'île au nom de la couronne et que furent nommés les Sergents Majeurs. La paroisse Matriz, dont dépendait toute l'île se trouvait à Betancuria.
En 1739 la guerre éclata entre le Royaume Uni et l'Espagne, et l'île fut soumise à des attaques constantes de corsaires, qui capturaient des butins et des navires civils qu'ils revendaient par la suite à Madère. Le 13 octobre 1740, un corsaire anglais débarqua dans la zone du Gran Tarajal et saccagea la zone. Le Colonel Sanchez Umpiérrez des habitants de la zones se défendirent et gagnèrent la bataille du Cuchillete tuant 33 des 53 soldats débarqués et capturèrent le reste. Un mois après, le 24 novembre, 55 corsaires débarquèrent dans la même zone avec les mêmes intentions. Cette fois, ils affrontèrent un troupe plus nombreuse et mieux préparée lors de la bataille de Llano Florida ou bataille de Tamasite, durant laquelle les majoreros (nom des habitants de Fuerteventura) ne firent aucun prisonnier.
Dans les années 60, de nombreux majoreros émigrèrent vers d'autres îles et vers le Sahara, et la capitale grandit petit à petit grâce à l'arrivée d'habitants des villages intérieurs.
Les vols internationaux depuis Fuerteventura commencèrent en 1973, avec un numéro de vols qui augmenta chaque année
Après la mort de Franco et avec la décolonisation du Sahara, en 1976, le Tercio Don Juan de Austria 3º de la légion, aux ordres du colonel Pallás, arriva à Puerto del Rosario - nouvelle capitale de l'île - et resta sur l'île jusqu'en 1995. Étant bien reçue au début, bien que pas par tous les habitants, l'arrivée de la légion apporta, d'un côté, la dynamisation de l'économie de la capitale ainsi que de l'île entière, et d'autre part, des problèmes et conflits personnels dûs à l'augmentation inattendue de la population.
En 2001, l'ancien terminal de l'aéroport, aujourd'hui détruit fut convertit en centre d'immigrés. L'état des installations, les moyens de surveillance, la massification, le manque de communication avec l'extérieur et les conditions d'hygiène des immigrés et des surveillants, provoquèrent les manifestations de nombreux collectifs.
